Η εταιρεία είναι οργανωμένη σε δύο κύρια τμήματα. Το Τμήμα Πωλήσεων & Μάρκετιγκ και το Υποστηρικτικό Τμήμα που αποτελείται από το Οικονομικό και το Τμήμα Logistics & Ποιότητας.

Το Τμήμα Πωλήσεων & Μάρκετιγκ είναι διαχωρισμένο σε τρείς Επιχειρησιακές Διευθύνσεις με τους παρακάτω θεραπευτικούς τομείς: Αιμοδοσίας και Διαχείρισης Αίματος, Επεμβατικής Καρδιολογίας & Ακτινολογίας και Αυξημένης Φροντίδας Ασθενών.

Υποστήριξη Πελατών
Το Τμήμα Πωλήσεων της Μ. Σ. Ιακωβίδης είναι διαχωρισμένο σε τρεις Επιχειρησιακές Διευθύνσεις οι οποίες βρίσκονται σε απευθείας συνεργασία με τα Τμήματα Διαχείρισης Διαγωνισμών και Επιστημονικής & Τεχνικής Υποστήριξης (STS) της εταιρείας, με κύριο στόχο την άμεση και αποτελεσματικότερη εξυπηρέτηση των πελατών της ανά την Ελλάδα.

Επιστημονική & Τεχνική Υποστήριξη
Με την πεποίθηση ότι η συνεχής ενημέρωση του ιατρικού και νοσηλευτικού προσωπικού στις νέες τεχνολογίες συμβάλει τόσο στην αποτελεσματικότερη αντιμετώπιση των ασθενειών όσο και στη μείωση του κόστους νοσηλείας, η εταιρεία διαθέτει εξειδικευμένο τμήμα από άρτια καταρτισμένα στελέχη.
Αρμοδιότητα του τμήματος αυτού είναι η άμεση επιστημονική, εργαστηριακή & τεχνική υποστήριξη των πελατών, καθώς και η εφαρμογή προγραμμάτων Ποιοτικού Ελέγχου. Σε αυτές περιλαμβάνονται, η διοργάνωση ενημερωτικών σεμιναρίων, επιστημονικών διαλέξεων και εκδηλώσεων, που αφορούν νέες μεθόδους και τεχνικές που έχουν ως στόχο την βελτίωση της ποιότητας ζωής των ασθενών, με ταυτόχρονη μείωση του χρόνου και των εξόδων νοσηλείας.

Τμήμα Διαχείρισης Διαγωνισμών
Η πολύπειρη μονάδα Διαχείρισης Διαγωνισμών της εταιρείας έχει ως αντικείμενο την παρακολούθηση των αιτημάτων των νοσοκομείων, την συγκέντρωση των απαραίτητων εγγράφων/ δικαιολογητικών, την προετοιμασία και υποβολή των προσφορών σε διαγωνισμούς των δημόσιων και ιδιωτικών νοσοκομείων, με στόχο την άμεση και ολοκληρωμένη κάλυψη των αναγκών λειτουργίας των νοσηλευτικών ιδρυμάτων της χώρας.

Οικονομικό Τμήμα
Το Οικονομικό Τμήμα της Μ. Σ. Ιακωβίδης είναι πρωτίστως επιφορτισμένο με την παρακολούθηση και τη πλήρη συμμόρφωση της εταιρείας με τη τρέχουσα φορολογική νομοθεσία και την έγκαιρη εκπλήρωση των λογιστικών και φορολογικών της υποχρεώσεων. Στις αρμοδιότητες του συγκαταλέγονται, μεταξύ άλλων, ο έλεγχος της πλήρους συμμόρφωσης της επιχείρησης με τις γενικά αποδεκτές αρχές της λογιστικής (GAAP), η αποτελεσματική διαχείριση των χρηματοοικονομικών της ροών, η έγκαιρη προετοιμασία των οικονομικών καταστάσεων καθώς επίσης η υποστήριξη και η παρακολούθηση της εφαρμογής του ετήσιου οικονομικού σχεδιασμού της εταιρείας.

Τμήμα Ποιότητας & Κανονιστικής Συμμόρφωσης
Το Τμήμα Ποιότητας & Κανονιστικής Συμμόρφωσης είναι υπεύθυνο για την επίβλεψη και εφαρμογή του Συστήματος Διαχείρισης Ποιότητας, βάσει των προτύπων ISO 9001:2015 & ISO 13485:2016 τα οποία πιστοποιούνται ετησίως από τους Bureau Veritas & Lloyds Register Greece αντίστοιχα, καθώς επίσης και με την συμμόρφωση της εταιρείας τόσο σε θέματα Δεοντολογίας (Code of Conduct) όσο και σε Κανονιστικά (Regulatory) που αφορούν την προώθηση και διακίνηση ιατροτεχνολογικών προϊόντων. Επίσης, είναι αρμόδιο για την εφαρμογή του Γενικού Κανονισμού Προστασίας Προσωπικών Δεδομένων (GDPR).